Một số nhà phân loại học đã thất bại trong việc gộp nhóm các loài thực vật vào trong các nhóm đơn ngành do tính đa bội của chúng. Có các chứng cứ cho thấy một số loài thực vật đa bội có các nguồn gốc nhiều đầu mối phức tạp (loài đã phát sinh nhiều hơn một lần). Một ví dụ là một loài diếp củ lai ghép Tragopogon x miscellus ) đã được hình thành tới 20 lần ở miền đông bang Washington. Sự thống nhất của diễn giải thông qua tiến hóa chức năng bị thách thức bởi sự chia nhỏ được yêu cầu của tính đơn ngành chặt chẽ.